Die Nutzung der Verkehrswege im Bereich der Gemeinde wurde durch Bodenfunde aus dem Neolithikum und dem 5. Jahrhundert festgestellt. In römischer Zeit befand sich eine „Umladestation am Rheinfall“. Ein Dorf existierte ab dem 7. Jahrhundert. Frühe urkundliche Erwähnungen erfolgten als Niuhusen (900/910) und Niuwenhusin (1253). Ab dem 12. Jahrhundert existierten Getreidemühlen und ab 1404 gab es Eisenschmieden vor Ort. Folgende Daten kennzeichnen die Entwicklung des Ortes: 1524 12 Häuser.; um 1800 206 Einwohner; 1850 922 Einwohner; 1888 2'023 Einwohner; 1900 3'905 Einwohner; 1950 7'969 Einwohner; 1970 12'103 Einwohner; 2000 9'959 Einwohner.

Zu Beginn des 19. Jahrhunderts war der Weinbau die wichtigste Einnahmequelle, der dörfliche Charakter blieb bis über die Mitte des 19. Jahrhunderts erhalten. Der Eisenbahnanschluss 1857 und 1863 förderte zunächst sowohl den Tourismus als auch die Industrialisierung. Um die Jahrhundertwende ging der Tourismus stark zurück, während sich neue Betriebe ansiedelten. Der höchste Einwohnerstand war 1969 mit 12.251 Einwohnern zu verzeichnen.

Zu den bekanntesten Unternehmen in Neuhausen gehören die Spielkartenfabrik AGM AGMüller, die Verbandstoff-Fabrik IVF Hartmann, die Schweizerische Industrie-Gesellschaft (SIG) sowie die heute zur Alcan-Gruppe gehörende ehemalige Alusuisse-Niederlassung. Bis 2014 hatte auch der internationale Sicherheitskonzern Tyco International seinen Sitz in Neuhausen. Waffenherstellung hat in Neuhausen Tradition, die von mehreren Firmen fortgeführt wurde. Ab 1860 produzierte die Waggonfabrik, die 1863 zur Schweizerische Industrie-Gesellschaft (SIG) umbenannt wurde, in Neuhausen Handfeuerwaffen. wie das bekannte Vetterligewehr.